Introduction
Les professionnels de santé bénéficient, dans de nombreux cas, d’une exonération de TVA pour les actes réalisés dans le cadre de leur activité. Toutefois, cette exonération n’est pas systématique et dépend de la nature des prestations effectuées.
Avec l’entrée en vigueur progressive de la facturation électronique, il est essentiel de bien comprendre les règles applicables. Certaines activités peuvent en effet entraîner des obligations spécifiques en matière de TVA et de facturation électronique.
Une exonération de TVA réservée aux actes à finalité thérapeutique
L’exonération de TVA dont bénéficient les professionnels de santé repose sur un principe simple : seuls les actes ayant une finalité thérapeutique sont exonérés.
Sont notamment concernés les soins destinés à diagnostiquer, soigner, protéger, maintenir ou rétablir la santé d’une personne, ainsi que certaines opérations directement liées à ces soins, comme le transport sanitaire. À compter du 1er septembre 2026, ces exonérations seront codifiées aux articles L. 213-95 à L. 213-101 du Code des impositions sur les biens et services (CIBS).
Certaines activités restent soumises à la TVA
Toutes les prestations réalisées par un professionnel de santé ne bénéficient pas de cette exonération.
Sont notamment soumises à la TVA :
- les actes sans finalité thérapeutique (comme certains actes esthétiques) ;
- les expertises médicales ;
- les missions de médecin-conseil auprès d’assurances ou d’entreprises ;
- les redevances perçues dans le cadre d’un contrat de collaboration ;
- certaines activités de formation.
Les professionnels concernés peuvent toutefois bénéficier du régime de la franchise en base de TVA (désormais appelée « entité franchisée ») lorsque leur chiffre d’affaires taxable n’excède pas 37 500 € par an pour les prestations de services. Ils doivent alors respecter certaines formalités, notamment une inscription auprès du Service des Impôts des Entreprises (SIE) et faire figurer une mention spécifique sur leurs factures.
Quelles conséquences pour la facturation électronique ?
La réforme de la facturation électronique concerne également les professionnels de santé.
Même lorsqu’ils réalisent uniquement des opérations exonérées de TVA, ils demeurent des assujettis à la TVA. À ce titre, ils devront être en mesure de recevoir des factures électroniques dès le 1er septembre 2026 en choisissant une Plateforme Agréée (PA).
En revanche, lorsqu’un professionnel de santé réalise des opérations soumises à la TVA avec d’autres entreprises françaises (par exemple des prestations de conseil ou des redevances de collaboration), il devra également émettre ses factures sous format électronique à compter du 1er septembre 2027.
L'e-reporting : une obligation complémentaire
Les professionnels de santé qui réalisent des opérations taxables à la TVA pourront également être concernés par l’e-reporting.
Ce dispositif consiste à transmettre à l’administration fiscale certaines données relatives :
- aux opérations réalisées avec des particuliers ;
- aux opérations avec des entreprises étrangères ;
- aux encaissements soumis à la TVA sur les encaissements.
La fréquence de ces transmissions dépendra du régime de TVA applicable à l’entreprise (régime réel normal, simplifié ou entité franchisée).
Anticiper les nouvelles obligations
Si la majorité des actes médicaux restent exonérés de TVA, certains professionnels de santé exercent des activités annexes qui peuvent modifier leurs obligations fiscales et déclaratives.
L’arrivée de la facturation électronique constitue donc une occasion de faire le point sur son activité, de vérifier son régime de TVA et d’anticiper les démarches à mettre en place avant les échéances de 2026 et 2027.
Chez ECA, nos équipes accompagnent les professionnels de santé dans l’analyse de leurs obligations en matière de TVA et dans la préparation à la réforme de la facturation électronique.
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